Gastroenheden er en meget forskningsaktiv afdeling.Der er ansat 2 professorer, 1 kirurgisk og 1 medicinsk.Professor Flemming Bendtsen (medicinsk) har ansvar for afdelingens forskning indenfor det medicinsk gastroenterologiske område med hovedinteresse indenfor somatisk alkoholskade.Professor Hans Jørgen Nielsen har ansvar for forskingen indenfor området "særlige signalstoffer ved coloncancer".
Der er i 2011 udgået mere end 57 original- eller oversigtsartikler.I øjeblikket har afdelingen tilknyttet 5 ph.d. studerende.Hovedparten af afdelingens forskning er finansieret af eksterne midler. Der er ligeledes meget stor national og international postgraduat undervisningsaktivitet indenfor afdelingens interesseområder.