Direktionssekretariatet er stabsfunktion for Amager og Hvidovre Hospitalers Direktion og varetager sagsbehandling af alle sager, der skal behandles af Hospitalsdirektionen. Direktionssekretariatet varetager endvidere elektronisk journalisering samt sagsbehandling af patientklager og patientforsikringssager, herunder juridisk vejledning.Direktionssekretariatet omfatter ligeledes journalcentralen, som scanner og arkiverer journaler.